Support of multi-genotype VCFs

Created by: karatheodory

Загрузка Multil-genotype VCF-файлов

VCF-файлы (сэмплы) могут содержать в себе несколько генотипов. Генотипы с точки зрения системы должны восприниматься как отдельные сэмплы. Для их поддержки требуются следующие изменения:

На фронтенде вместо версии сэмпла должна использоваться версия конкретного генотипа сэмпла.
При отправке запросов на анализ в дополнение к идентификатору сэмпла нужно отправлять имя генотипа.
Для сэмплов, в которых содержится только один генотип, в качестве значения имени по-умолчанию должно использоваться значение NULL

Для их поддержки нужно внести в систему следующие изменения:

создать таблицу sample_genotype (id, sample_id, genotype_name)
создать таблицу genotype_version (id, sample_id)
создать генотипы для всех существующих сэмплов со значением имени генотипа по умолчанию
скопировать версии сэмплов в качестве версий генотипов из vcf_file_sample_version в genotype_version
добавить vcf_file_sample_value.genotype_id, скопировать в него значения из поля vcf_file_sample_value.vcf_file_sample_version_id
удалить ограничение и само поле vcf_file_sample_value.vcf_file_sample_version_id
удалить таблицу vcf_file_sample_version
переделать вставку данных от AS, чтобы правильно добавлять генотипы и их поля
переделать запросы в БД, чтобы они вместо версии сэмпла возвращали версию генотипа
X переименовать vcf_file_sample_value -> genotype_field
X переименовать vcf_file_sample* -> sample* во всех местах
X переименовать langu* -> language* во всех местах